Durante la Colonia,hubo una presencia permanente de la Iglesia a través de un cura o clérigo en cada ciudad,lo cual ponía a la religión en una posición de control político,no sólo espiritual.

Para esto,se contó con la labor de misioneros Franciscanos,Agustinos,Dominicos y,más tarde,Jesuitas,siendo los últimos considerados como los únicos que realmente abogaron por un trato humano hacia el indígena.

La iglesia se encargaba de transmitir la cultura española a los indígenas,en tanto se esforzaba,la mayoría de las veces,por romper con las costumbres y creencias nativas.Debido a la explotación excesiva de los indígenas,se dio la llegada de mano de obra esclava proveniente de África,con lo que se vinculó el componente afro a la cultura colonial,completando el triángulo racial que daría como resultado la posterior población del país.